重庆医科大学继续教育办学早、历史悠久，始于1960年首次开办的医学专业成人本科夜大班，至今60余年。上世纪八十年代，学校成立成人教育处，2002年成立应用技术学院。2007-2010年学校因改革、发展需要，撤销应用技术学院，原有成人教育的教学与学生管理逐步随普通本科教育分流归口，实施大教务、大学工与院系管理三者相互独立又相互协同的综合管理模式。2019年继续教育学院定编，为适应社会发展及学校继续教育工作需要，2023年12月启用继续教育学院。

继续教育学院位于袁家岗校区，是学校的二级单位，内设学院办公室、教务与学生管理科、培训科三个科室。主要承担高等学历继续教育和非学历继续教育工作，学院充分依托学校的学科、专业、师资等办学优势，立足重庆、服务行业，致力培养服务西南地区卫生健康事业发展的复合型、应用型医学人才。